مذاق جيهانى - كه تمايلات ثنوى داشته - خوش نيامد . كتابى كه ابو زيد دربارهء كيفيت تأويلات نوشت و موجب تيرگى رابطه او با مرورودى گرديد بعدها مورد توجه دانشمندان اسلامى و تمجيد مجامع مذهبى قرار گرفت و حسن قبول يافت تا بدانجا كه ياقوت مىگويد : « ما صنّف فى الإسلام كتاب أنفع للمسلمين من كتاب البحث عن التأويلات صنّفه ابو زيد البلخى » هنگامى كه احمد بن سهل بن هاشم مروزى در 306 ق به بلخ آمد و بر آن سامان مستولى شد ، وزارت خود را به ابو زيد پيشنهاد كرد ، امّا او نپذيرفت ، سرانجام ابو القاسم بلخى كعبى را كه با ابو زيد دوستى داشت وزارت داد و ابو زيد را به كاتبى برگزيد ، كعبى نيز به ابو زيد توجه خاصى داشت . ابو زيد در علوم اوايل و نيز علوم اسلامى دست داشت ، در نوشته‌هاى خود از روش فلاسفه و اصحاب عقل پيروى مىكرد ، ازاين‌رو متهم به كفر و الحاد گرديد ، امّا به‌رغم اين اتهامات به گزارش برخى منابع ، مردى نيكواعتقاد بود و در به جاى آوردن وظايف مذهبى و عمل به احكام دين غفلت نمىورزيد ، علما و فقهاى بلخ نيز او را داراى اعتقادى نيك و مذهبى استوار مىدانستند و بر آن بودند كه در مصنفات انبوه وى كلمه‌اى كه دلالت بر سستى عقيده او كند پيدا نمىشود . ابو زيد با دانشمندان زمان خود مكاتبه و مباحثه داشته و از شهرهاى دور و نزديك سؤالات علمى و مذهبى براى او مىفرستادند تا پاسخ گويد . ابو زيد علاوه بر تأليفات گران‌قدر شاگردانى نيز داشته است كه از آن جمله‌اند : 1 . ابن فريغون كه كتاب « جوامع العلوم » از آثار اوست . 2 . ابو الحسن محمد بن يوسف عامرى كه در فلسفه از ابو زيد استفاده كرد .